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Se lancer en tant que médecin libéral implique bien plus que la pratique médicale : la gestion administrative et comptable est incontournable. Quelles sont les obligations comptables du médecin en libéral ? Comment tenir sa comptabilité ? Quelles sont les meilleures solutions pour gérer les obligations comptables du médecin en libéral ? Nous vous expliquons tout !
Quelles sont les obligations du médecin en libéral ?

Le médecin libéral en entreprise individuelle
Le régime micro-BNC
Si vos recettes annuelles ne dépassent pas 77 700 € (plafond 2024), vous relevez du régime micro-BNC. Ce régime simplifie vos formalités comptables. Vous devrez uniquement :
- Tenir un livre de recettes consignant chronologiquement vos honoraires.
- Déclarer vos revenus sur le formulaire fiscal 2042 C Pro.
☝️ Au régime micro BNC, l’administration applique un abattement forfaitaire de 34 % pour frais professionnels, ce qui simplifie encore la gestion comptable.
Le régime de la déclaration contrôlée
Si vos recettes dépassent 77 700 €, ou si vous choisissez ce régime pour déduire le montant réel de vos charges professionnelles, vos obligations s’alourdissent. Vous devez :
- Tenir une comptabilité de trésorerie avec un registre des dépenses et des recettes. un registre des immobilisations et des amortissements.
- Produire des documents comptables comme le compte de résultat.
- Produire des déclarations fiscales spécifiques, notamment la liasse fiscale 2035.
L’exercice en société
Si vous optez pour une structure sociétale comme une Société d’Exercice Libéral (SEL), vous devez :
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- Appliquer une comptabilité d’engagement incluant le bilan, le compte de résultat et des annexes.
- Produire des déclarations spécifiques comme la déclaration de solde d’IS si vous êtes soumis à l’impôt sur les sociétés, ou la déclaration d’impôt sur le revenu.
Quelles sont les solutions pour gérer sa comptabilité ?
L’expert-comptable
Faire appel à un expert-comptable est une option courante pour les médecins libéraux. Ce professionnel veille au respect des obligations fiscales et comptables, vous conseille sur l’optimisation de vos finances et prend en charge l’ensemble des tâches comptables. Toutefois, cette solution peut être coûteuse, avec des frais annuels compris entre 1 000 et 3 000 €.
Les logiciels de comptabilité en ligne
Les logiciels de comptabilité en ligne comme Indy offrent une solution plus économique et autonome. Ils permettent de :
- Automatiser la saisie comptable et la catégorisation des transactions.
- Gérer les recettes et dépenses en temps réel.
- Synchroniser vos comptes bancaires.
- Préparer facilement les déclarations fiscales (2035, 2042 C Pro).
Les avantages de la comptabilité en ligne
Les logiciels de comptabilité en ligne, comme Indy, séduisent de plus en plus de médecins libéraux. Voici les principaux avantages de cette solution :
- Économies : Ces outils sont bien plus abordables qu’un expert-comptable, ils coûtent en général entre 100 et 500 € par an.
- Gain de temps : L’automatisation de tâches comme la saisie des écritures et l’édition des factures permet de libérer du temps pour vos patients.
- Conformité et sécurité : Les outils de comptabilité en ligne sont régulièrement mis à jour pour respecter les normes fiscales, tout en offrant des sauvegardes sécurisées.
- Flexibilité et accessibilité : Vous avez un accès permanent à vos données depuis n’importe quel appareil, vous permettant de gérer votre comptabilité où que vous soyez.



